O OP respondeu à pergunta e publicou a solução na pergunta.
Acabei resolvendo este problema fazendo o remapeamento do Windows para Control e Caps Lock para o Hyper no Layout do Teclado. Em seguida, usei o CCSM para remapear a chave do traço Unity para o Hyper. Eu também remapeei coisas como Alt - Tab para Controle - Tab (que agora é fisicamente Windows - Tab se ainda estiver seguindo) para obter uma experiência mais semelhante ao Mac. Eu não tenho mais uma chave do Windows mas depois do remapeamento do CCSM eu não tenho uso para um.