Os utilitários de linha de comando são chamados de uniq e sort . Você pode simplesmente enviar o arquivo por meio deles para obter apenas entradas exclusivas:
sort ~/.ssh/authorized_keys | uniq > ~/.ssh/authorized_keys.uniq
e, em seguida, substitua o arquivo antigo pelo novo:
mv ~/.ssh/authorized_keys{.uniq,}
O ~/.ssh/known_hosts é manipulado pelo ssh em si e não deve conter nenhum duplicado (se você modificou manualmente, ele pode e, em seguida, você pode usar a mesma abordagem acima).