Pare o Iniciador Unity para ocultar automaticamente:
1) Instale o ComfigCompiz Setting Manager (você encontra int no Ubuntu Software Center)
2) Abra e no Desktop - > Plugin do Ubuntu Unity - > Na guia Comportamento do Hide Launcher, selecione "Nunca"
É isso.
Em relação à configuração da posição fixa para o lançamento dos aplicativos, não sei.
Felicidades