Uniq deve ser suficiente:
$ cat c.txt
OQ-63/ECC/Global/MES/CZ/adWerum-CZ-Adapter
OQ-63/ECC/Global/MES/54/ECC-MRP-S05
OQ-63/ECC/Global/MES/CZ/adWerum-CZ-Adapter
OQ-63/ECC/Global/MES/54/ECC-MRP-S05.ear
OQ-63/ECC/Global/MES/CZ/adWerum-CZ-Adapter
OQ-63/ECC/Global/MES/CZ/adWerum-CZ-Adapter
OQ-63/ECC/Global/MES/54/ECC-MRP-S05.xml
$ uniq -D c.txt
OQ-63/ECC/Global/MES/CZ/adWerum-CZ-Adapter
OQ-63/ECC/Global/MES/CZ/adWerum-CZ-Adapter
$ uniq c.txt
OQ-63/ECC/Global/MES/CZ/adWerum-CZ-Adapter
OQ-63/ECC/Global/MES/54/ECC-MRP-S05
OQ-63/ECC/Global/MES/CZ/adWerum-CZ-Adapter
OQ-63/ECC/Global/MES/54/ECC-MRP-S05.ear
OQ-63/ECC/Global/MES/CZ/adWerum-CZ-Adapter
OQ-63/ECC/Global/MES/54/ECC-MRP-S05.xml
Por padrão, o uniq verifica as linhas adjacentes do arquivo de entrada. Assim, para um arquivo não classificado (como o seu caso), o uniq fará o trabalho que você deseja.
você também pode estar interessado na opção uniq -d e -u. Veja man page para mais detalhes (-d imprime apenas uma das duas linhas duplicadas, -u imprime somente linhas uniq - remove ambas as entradas duplicadas).