Você pode usar xargs:
cat /path/to/file | xargs apt-mark auto
Isso deve funcionar se houver um nome de pacote por linha no arquivo de texto /path/to/file
.
Outra opção seria usar um loop for:
for pkg in 'cat /path/to/file'; do apt-mark auto $pkg; done
A segunda maneira pode ser útil se você tiver um problema semelhante, no qual o comando não pode ser chamado com uma lista de parâmetros, mas você terá que chamá-lo uma vez para cada parâmetro que tiver. Mas no seu caso não é tão elegante, claro ...:)
Por acaso, suponho que você esteja usando o bash.
Nota: no meu sistema apt-mark --help
diz:
Usage: apt-mark [options] {markauto|unmarkauto} packages...
E também:
apt-mark is deprecated, use apt-get markauto/unmarkauto.