Isso pode acontecer em sistemas com diretórios iniciais montados automaticamente, como em um sistema com o Active Directory ou LDAP. Digite mount depois de fazer o login para ver se o seu diretório pessoal foi montado automaticamente. Infelizmente, não há uma maneira (que eu saiba) para consertar isso. Geralmente, um diretório / home inteiro é montado, portanto, todos os diretórios base do usuário estão disponíveis durante a autenticação SSH.