Em geral, esse aviso é completamente inofensivo e normal. Quando dpkg está removendo (ou tentando remover) um pacote, ele remove todos os arquivos e diretórios que foram criados como parte da instalação desse pacote. Agora, suponha que haja alguns arquivos em um diretório candidato à remoção nesse cenário e dpkg não saiba sobre esses arquivos. Isso pode acontecer porque eles foram gerados por máquina, durante ou após a instalação, ou porque foram criados por um usuário. Em seguida, a menos que instruído, dpkg não removerá esses arquivos. Como, por padrão, não removerá um diretório não vazio, nesse caso, o diretório que contém esses arquivos não será removido. Então, em resumo, depois que o pacote é removido, você pode acabar com um diretório (ou diretórios) basicamente vazio com alguns arquivos gerados por máquina ou algo assim. Isto não é um problema - você pode simplesmente remover estes manualmente.
Note que os padrões acima são todos padrões sensíveis. Não há bugs aqui.
No seu caso, você está instalando arquivos em /usr/local como parte de seu pacote binário Debian, o que é uma violação do Padrão de Hierarquia de Arquivos, e está errado . Não faça isso. Os binários do usuário devem entrar em /usr/bin , por exemplo, as bibliotecas devem entrar em /usr/lib , etc. Eu suponho que seu pacote crie /usr/local/bin , porque dpkg , naturalmente, não sabe sobre isso já. (Já que um pacote Debian contendo arquivos / diretórios em /usr/local é uma violação do FHS e, portanto, da Política Debian). Portanto, ele tenta remover esse arquivo quando remove o pacote. Pare de instalar em /usr/local e seu problema desaparecerá.
Dê-nos um pouco mais de contexto, talvez? Por que você está tentando construir o seu próprio pacote Debian zsh ao invés de usar o seu pacote de distribuição, e qual distribuição você está usando mesmo assim?
Se você realmente quer fazer isso, aqui está uma dica simples. Verifique como sua distribuição (ou mesmo Debian) empacota zsh, e apenas reutilize a embalagem. Deve funcionar bem. Não há razão para tentar escrever o seu próprio, a menos que você esteja tentando aprender como empacotar, o que eu assumo não é o caso aqui.