O seu sistema usa Módulos de autenticação conectáveis (PAM, Pluggable Authentication Modules)? O mais moderno Linux ou BSD usa o PAM.
O PAM permite que você conecte-se a logins. Há uma variedade de módulos PAM disponíveis que podem atender às suas necessidades, ou você pode escrever seus próprios em C. Existe até um pam-python * binding que permite conectar em código Python.
Dado que você deseja que o daemon seja executado continuamente, eu optaria por um módulo PAM simples que registra em um arquivo e sinaliza o daemon.
* O pacote é denominado libpam-python
no Debian e no Ubuntu.