Parece que está lendo a entrada padrão (stdin). Tente adicionar a opção -d (não tentar ler de stdin) a netcat . Ou redirecione na linha de comando:
netcat localhost 1099 <&- | bash loop.sh &
Você também pode querer usar nohup para ter certeza de que não será afetado adversamente quando / se você sair do shell antes dele parar.