Como sugerido @igi, é o comportamento padrão para o Ubuntu Natty. Caso contrário
Abra /usr/share/applications/gedit.desktop
e certifique-se de que a propriedade Exec
seja igual a gedit --new-document %U
Como alternativa, você pode abrir seu ~/.bash_aliases
ou ~/.bashrc
e adicionar
alias gedit="gedit --new-document"