Quase sem dúvida, posso ter certeza de que você está executando o Dropbox, que inicia o Nautilus no KDE, não importa o que você faça. Se você quiser que o nautilus desapareça, você pode executar killall -9 nautilus
. Você pode inclusive adicionar isto aos aplicativos de inicialização do KDE e executá-lo apenas no KDE.