Cada arquivo (a pasta é um arquivo também) possui um registro de data e hora incorporado.
Eu presumo que você não possa criá-los para as estruturas de pastas ao mesmo tempo, para que os carimbos de hora desses arquivos sejam diferentes.
Como resultado, o arquivamento ou o hashing proporcionam resultados diferentes, pois o registro de data e hora é uma parte do arquivo usado em ambas as operações.
Então essa é a diferença entre estruturas de arquivos aparentemente idênticas.
UPDATE: a partir da verificação de que eles têm conteúdos semelhantes, acho que você realmente precisa verificar o conteúdo desses arquivos e compará-los.