Use a opção -T
para cp (GNU cp
):
cp -rT path2/dir2 path1/dir1
Se você usa rsync
para isso (que é provavelmente o que você quer, pois evitará copiar arquivos que não foram alterados), você pode acrescentar um /
ao diretório de origem para que especificamente o conteúdo seja copiado que o próprio diretório. Por exemplo:
rsync -r path1/dir1/ path2/dir2