Use a opção -T para cp (GNU cp ):
cp -rT path2/dir2 path1/dir1
Se você usa rsync para isso (que é provavelmente o que você quer, pois evitará copiar arquivos que não foram alterados), você pode acrescentar um / ao diretório de origem para que especificamente o conteúdo seja copiado que o próprio diretório. Por exemplo:
rsync -r path1/dir1/ path2/dir2