A virtualização é geralmente uma escolha melhor, em vez de "dois desktops". Mas isso nem sempre é verdade.
Primeiro, você deve determinar se o que deseja fazer pode ser virtualizado. Produtos de escritório e outras coisas de baixa carga devem ser muito bem. Tarefas de alta CPU geralmente funcionam bem. Tarefas altas de ram geralmente são boas, mas podem ser um problema se você não tiver o overhead para executar ambos os sistemas operacionais e a tarefa de mastigação de ram ao mesmo tempo. As tarefas que exigem hardware específico podem funcionar, mas normalmente não exigem configurações complicadas. Se você pode virtualizar, então é uma questão de qual caminho.
Sou fã do host Linux e do Windows. No entanto, pode não ser o caminho certo. De um modo geral, o Linux é melhor em ser o host de virtualização se você está fazendo coisas de escritório normais. Se você está tentando obter algum hardware super especial em execução na VM, especialmente se ele precisa interagir com algum hardware (como mencionado), o Windows pode ser o melhor host. Eu também acho que os hosts do Windows têm um pouco melhor suporte para emulação de GPU para renderização em 3D, mas eu nunca vi isso fazer a diferença.
Então, o que realmente lhe resta é qual é a melhor ferramenta para o trabalho? Você gasta mais "tempo" no Windows ou no Linux? Esse deve ser o anfitrião, o outro o convidado. A única coisa que deve substituir isso (preferência baseada no tempo) é a necessidade de hardware especial.
Algumas notas rápidas sobre os métodos:
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Provavelmente a escolha certa com base na sua pergunta. Pode compartilhar a área de transferência, e geralmente é mais fácil acessar os recursos do Host Linux em um convidado do Windows e vice-versa. Não há desvantagem (especialmente se você tiver hardware habilitado para virtualização)
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O Windows não é tão estável quanto o Linux na maioria dos casos, e se o seu sistema operacional hospedeiro falhar, você perderá o host e todos os convidados em execução. Dito isso, o Linux é muito "usado" para começar virtualizado e, provavelmente, funciona melhor como convidado, em seguida, o Windows. No entanto, isso não é importante para o trabalho de escritório. (Por exemplo, os sistemas operacionais Windows parecem sempre ter problemas de rede sob condições de carga alta)
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Provavelmente, o pior caminho a percorrer atualmente com base na sua pergunta. Dito isto, é o método testado e comprovado. Além disso, é a única opção se você precisar de acesso em nível de hardware para algo que não pode ser executado em um sistema operacional convidado.