Uma sobreposição do sistema de arquivos provavelmente funcionaria melhor para isso. Usando algo como aufs , você pode criar um diretório 'virtual' a partir de vários diretórios combinados. Você pode configurar se as gravações devem se propagar de volta aos diretórios originais ou usar um método copy-on-write para deixar os originais sozinhos ou não permitir gravações por completo.
No entanto, para responder à sua pergunta original, você pode usar algo como lsyncd para acionar um rsync assim que um arquivo é modificado. O lsyncd usa o rsync, que é capaz de sincronizar o conteúdo do diretório sem manter o nome do diretório. Geralmente, a maneira de fazer isso é sincronizar sourcea/.
para /some/destdir/
. A parte importante é o ponto no final do caminho de origem. Este é um truque geral que pode ser usado para outras coisas além do rsync, como o cp.