A única maneira que eu encontrei para fazer isso, no que diz respeito à mudança no sistema de arquivos, é trabalhando no nível do arquivo. Fazer backup de uma partição inteira, que contém apenas arquivos, é onde FSArchiver é excelente. Eu fiz um sistema inteiro com FSArchiver , mas você é obrigado a corrigir seu bootloader e outras configurações específicas. Você também pode obter FSArchiver no SystemRescueCD ou, possivelmente, em um repositório de pacotes padrão.
Trabalhar no nível de bloco seria muito mais simples, prefiro partimage se a alteração no sistema de arquivos não for um requisito difícil.