java -cp FILE.jar FILE.Main inputfile
O que significa a opção -cp ? Aliás, o que significa um sinal negativo na frente? Eu procurei em todos os lugares e não consegui encontrar a resposta.
O exemplo que você finalmente deu, -cp é um parâmetro para o comando, que é java. Os parâmetros são geralmente específicos do programa, neste caso, cp significa Caminho da Classe, que é outro local que o java procurará para localizar os arquivos da classe conforme forem necessários pelo programa.
Veja isto:
Citação:
-classpath classpath -cp classpath
Specifies a list of directories, JAR files, and ZIP archives to search for class files. Separate class path entries with semicolons (;). Specifying -classpath or -cp overrides any setting of the CLASSPATH environment variable.