Existem muitas soluções para isso. O gap_x e gap_y é o pior. A configuração da tela é muito mais complexa. Eu também tenho um monitor externo em um laptop.
Meus arquivos de configuração conky estão na lista de inicialização e se parecem com isso. Eu uso o Ubuntu 12.04:
bash -c "sleep 30; conky -c conky1 -a top_right -x 7 -y 70 -d"
bash -c "sleep 30; conky -c conky2 -a top_left -x 150 -y 550 -d"
gap_x e gap_y em ambos os arquivos são definidos como 1. Usar coordenadas relativas sempre será exibido no mesmo lugar.
Do terminal: conky -c conky1 -a top_right -x 7 -y 70 -d
Eu não preciso redefinir o valor de gap-x ou y toda vez que eu inicializo com uma exibição secundária.