Existem alguns editores binários que podem mostrar diferenças entre os arquivos, mas os que eu tentei ( dhex e vbindiff ) não parecem ser capazes de detectar e mostrar inserções ou exclusões.
Existem vários utilitários de comparação binária como rdiff , xdelta ou bsdiff que calculam a diferença entre dois arquivos. Mas o objetivo é gerar patch arquivos para serem posteriormente aplicados a um original. Você não pode ler esses arquivos de patch para ver quais são as diferenças.
Algo que você pode fazer, para ver visualmente a diferença, é fazer o hexdump dos arquivos com um byte por linha e diff dos resultados. Os números de linha informam o deslocamento no arquivo (embora tenha cuidado, ele começa em 1, não em 0):
diff -u <(od -w1 -vAn -tx1 file1) <(od -w1 -vAn -tx1 file2)
(assumindo que seu od suporta a opção% padrão-w não padronizada).