However, it is not listed in Ubuntu Software Centre or Synaptic Package Manager.
Claro que não, porque o arquivo *.run que você instalou não é um pacote *.deb . É essencialmente um script de shell que coloca arquivos em algum lugar (no seu caso, de forma rápida em /root/bin/Sencha/Cmd/4.0.1.45/sencha-4.0.1.45 , que não é um local apropriado para esse propósito). apt , o gerenciador de pacotes do Ubuntu, não tem a menor ideia de que este programa está instalado e, portanto, não poderá removê-lo.
A instalação de software dessa maneira é, portanto, uma abordagem IMO impenitente de último recurso, e eu a evitaria se fosse possível.
How do I completely uninstall this program?
Isso depende do programa; não há um caminho geral. Tente executar o arquivo *.run com parâmetros como --help e espere que tenha algum tipo de mecanismo de desinstalação.
Também procure no diretório de instalação se você encontrar algum tipo de script de desinstalação.
If I executed rm -rf /root/bin/Sencha will that completely???
Talvez, talvez não. Isso depende novamente do programa - se esse script apenas colocar todos os arquivos em /root/bin/Sencha e não alterar mais nada em seu sistema, então rm -rf seria suficiente para removê-lo completamente. Antes de tentar isso, procure um parâmetro ou script de desinstalação, como descrevi antes.