Se clear
estiver limpando o histórico e o terminal tiver que haver uma função, alias ou script que esteja fazendo isso. Veja o que o type -a clear
lhe diz.
Outra maneira de limpar o terminal é usar tput clear
, que faz exatamente a mesma coisa que o clear
deve fazer. Você também pode tentar fazê-lo diretamente usando a seqüência de escape (para xterm por exemplo), mas pode ser diferente para terminais diferentes (deve funcionar para qualquer um que emule xterm, como gnome-terminal, PuTTY, etc.): printf '\e[H\e[2J'