O mais provável é que o módulo que gerencia os alto-falantes da sua placa-mãe não esteja carregado. A lista negra deste módulo é uma das primeiras coisas que faço em uma nova instalação e não ficaria surpreso se você mesmo fizesse isso e se esquecesse ou se a sua distribuição o fizesse automaticamente. De qualquer forma, é possível que você consiga seu bipe funcionando se você executar
sudo modprobe pcspkr
E, em seguida, tente novamente o beep
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