O Rsync é seu mais novo melhor amigo.
rsync -av original/folder/ new/folder/
As barras à direita são importantes em ambos; Se você excluir o primeiro, ele copiará essa pasta como sua própria pasta em new/folder/
. É melhor usar o sinalizador -a
para preservar permissões, registros de data e hora, etc.
O Rsync também criará diretórios automaticamente, conforme necessário, para duplicar a estrutura.