Com base nas mensagens de erro, parece que sua atualização está tentando atualizar sua versão 5.3.6 do PHP para uma versão mais antiga (5.2.17), e ela está se transformando em conflitos.
Você adicionou um repo extra no passado?
Qual é a saída de
yum list *php*
Eu espero que você tenha 2 repositórios diferentes listando PHP. Nessa suposição, a correção seria excluir a versão mais antiga do PHP em seu /etc/yum.repos.d/ dir.
Como alternativa, você pode excluir os pacotes ofensivos específicos na linha de comando. Consulte o link