Suas ligações de teclado não estão funcionando porque seu teclado não tem mais esses teclados.
Se você quiser que, por exemplo, o Alt + F faça alguma coisa, então você precisa do "F" em alguma chave. Mas se você carregar "ru" sozinho , então não há "F" (nem qualquer letra latina).
Eu acho que, especialmente quando você precisa lidar com múltiplos layouts, é muito melhor deixar o X11 (através do setxkbmap) fazer o trabalho para você; a maneira como os gerenciadores de janelas fazem isso é muito mais limitada, como você descobriu.
Você também pode tentar, como o widget awfull parece chamar o setxkbmap, para alterar "ru" com "ru, us", por exemplo:
kbdcfg.layout = { { "us", "" }, { "ru,us", "phonetic" } }
Dessa forma, o layout "us" será empilhado em cima do "ru" quando carregado, e os keyysms do layout "us", embora não sejam diretamente tipificáveis, serão vistos pela camada X11 que manipula as ligações de teclas.