Você está correto em relação ao Makefile , as únicas coisas que acontecem são definidas nele ou em scripts complementares executados. "Práticas recomendadas" ao atualizar o software a partir da origem geralmente é usar a opção uninstall se você não executou um make clean ou excluiu o diretório de instalação original.
Você precisa ser cuidadoso, porém, caso o programa tenha instalado arquivos fora de /usr/local , você pode remover arquivos que foram adicionados pelo gerenciador de pacotes. Muitas vezes, os arquivos de configuração principais, como o Apache, não são corrompidos e simplesmente excluídos durante a instalação, podem ou são preservados. Embora isso nem sempre seja o caso. Você pode fazer backup de todos os destinos com a opção -b ou --backup para instalar.
Editar:
Observando o Makefile.in da versão atual de httpd , parece que vários dos seus comandos cp adicionaram a opção -p , que preserva a propriedade e os timestamps.