Não sei exatamente como funciona se você converter de um arquivo markdown, mas para converter html para pdf usando latex, eu poderia fazer o pdf ser paisagem adicionando este sinalizador ao comando:
-V geometry:landscape
Assim, o comando completo no seu caso poderia ser:
pandoc test.MD -V geometry:landscape -f markdown -o test.pdf
Note, como eu disse, usei latex para converter, então só posso confirmar que este aqui funcionará:
pandoc test.html -V geometry:landscape -t latex -o test.pdf
Espero que isso seja útil.