Parece que não foi o Dropbox ou o Ubuntu One, afinal. Eu desabilitei alguns outros plugins: coverthumbnailer, eicel, ground control, etc, e reiniciei o nautilus.
O uso da memória caiu para 45MB. Muito melhor! Eu vou continuar tentando ver se existem outros culpados, e também se eu puder restringir a causa a um ou dois plugins, mas estou satisfeito por enquanto.