A menos que você esteja usando um hardware com especificações muito antigas / baixas, a execução de gnome/gtk apps em KDE (ou kde/qt apps em GNOME ) não deve ter qualquer impacto perceptível no desempenho.
Quando você está em KDE , qt/kde libs já estão carregados na memória, gtk/gnome libs não estão. É somente quando você ativa um aplicativo gtk/gnome que gtk/gnome libs são carregados, sendo o efeito colateral um uso de memória maior (libs adicionais são carregadas na memória) e possivelmente (em um HDd lento) uma inicialização inicial mais longa hora do aplicativo gtk .