No seu caso específico, porque o schroot sobrescreve vários arquivos, incluindo o /etc/passwd
one, que dpkg consulta para comparar com o arquivo estatua, ele verifica se todas as entradas do arquivo statoverride estão no passwd e se elas não estão , emite um aviso, que é o que está acontecendo. Essencialmente, isso acontece sempre que você remove um usuário que um pacote criou.
Isso é facilmente corrigível se você reconfigurar / reinstalar o pacote relevante (no seu caso foi geoclue
, pode ser qualquer outra coisa, felizmente o Debian usa o mesmo nome de usuário do projeto, normalmente) e irá ( re) criar o usuário no arquivo passwd.