Você pode certamente criar um diretório de links para sua música na estrutura que você descreveu, se for qualquer coisa, exceto um sistema de arquivos FAT, mas o FAT não suporta links, então você teria que criar arquivos Windows LNK (aka atalhos).
NOTA: Por acaso, você poderá criar arquivos LNK usando qualquer uma dessas ferramentas. Essas ferramentas são descritas como: permitindo que você crie arquivos de atalho do Windows (extensão .LNK) sem precisar de um sistema operacional Windows.
Mas geralmente é melhor criar arquivos de lista de reprodução e deixar a música em alguma estrutura padronizada ou como um único subdiretório com outros subdiretórios dentro dela.
Para organizar os cabeçalhos de MP3, você pode usar a ferramenta Picard do MusicBrainz para garantir que as tags ID3 estejam atualizadas em sua coleção .
Existem muitas ferramentas, como Clementine , para criar playlists. É discutido aqui neste AU Q & A intitulado: Precisa de um criador de lista de reprodução para o linux que faça caminhos relativos .