O Windows carrega cada biblioteca dinâmica no mesmo endereço em todos os processos. Isso interage muito com a emulação de fork
do Cygwin quando há versões diferentes de uma DLL no processo pai e filho (ou seja, quando você atualizou uma DLL entre a hora em que o pai foi iniciado e a hora em que o filho foi iniciado). Reinicie todos os seus processos do Cygwin depois de atualizar uma biblioteca.