Provavelmente a maneira mais fácil é através do BIOS; muitos BIOSes têm a opção de desativar o USB onboard.
Desativá-lo no Linux envolveria impedir que o driver do controlador USB seja carregado. Isso não funcionaria se o chipset no controlador USB da placa-mãe fosse o mesmo que o chipset do controlador PCI USB.
Faça alguma pesquisa na sua placa-mãe e descubra quem faz o controlador USB nela. Você pode descobrir com um simples lspci
. Um pouco mais pesquisando e / ou observando a saída de lsmod
deve informar a você qual módulo do kernel é responsável por ele. Você pode então dar uma olhada nisso e evitar que o módulo seja carregado .
Tenho certeza de que há uma maneira de identificar por meio de algum tipo de identificação única e, em seguida, desabilitar ou "cancelar o registro" de certos "ramos" USB na "árvore" USB; Espero que uma pessoa mais esclarecida possa compartilhar, se possível.