Se você executar java folder/somefile java tentar encontrar uma classe somefile no pacote folder , mas sua turma não estiver localizada no pacote folder , ela está localizada apenas no caminho folder . Você pode ajustar o caminho de busca para classes usando a opção -cp (significando caminho de classe ).
Por exemplo, tendo uma classe YourClass no pacote your.package , esse pacote está localizado em /your/path e você pode executá-lo em qualquer local com:
java -cp /your/path your.package.YourClass
No seu caso específico, você deve executar:
java -cp folder somefile
Espero que esteja claro o suficiente; -)