mysql --format csv --skip-column-names \
-e "select xmldata from mytable limit 1;" \
| while IFS= read -r line; do xmllint --format - <<<"$line"; done
Dividir para facilitar a leitura, obviamente você não precisa. O <<<$line
é um herestring
, que alimenta o conteúdo de $line
a xmllint
como stdin.