Possivelmente uma corrupção em sua instalação de vinho.
Para testar isso, mova temporariamente sua pasta wine atual para um backup e recrie uma nova pasta de vinhos
mv ~/.wine ~/.wine_backup
winecfg
depois reinstale o notepad ++
wine npp.5.9.3.Installer.exe
Se o mesmo problema ocorrer, remova a nova pasta e renomeie a pasta antiga
rm -rf ~/.wine
mv ~/.wine_backup ~/.wine
Nota - testei o bloco de notas 5.9.3 usando a versão de vinho 1.3.26 e ele funciona perfeitamente.