Isso não é exatamente o que você está pedindo, mas como é uma máquina virtual, você pode salvar o estado da máquina em vez de desligá-la para que ela fique exatamente no mesmo estado em que você a inicia.
Instalei o Ubuntu 12.04 em uma caixa virtual, e gostaria de saber se existe um aplicativo (ou pacote) que se assemelha ao que o Lion faz automaticamente quando você faz logoff
Isso não é exatamente o que você está pedindo, mas como é uma máquina virtual, você pode salvar o estado da máquina em vez de desligá-la para que ela fique exatamente no mesmo estado em que você a inicia.