Tente adicionar:
setopt no_share_history
unsetopt share_history
para ~ / .zshrc ... isso deve funcionar
Estou usando o zsh com prezto (no OSX e dentro do tmux, não tenho certeza se isso é importante) e, de tempos em tempos, o histórico é compartilhado entre vários terminais.
Eu já adicionei unsetopt share_history e também desabilitei SHARE_HISTORY ao final do meu .zpreztorc, mas ele continua misturando o histórico.
A saída do setopt mostra que "sharehistory" ainda está lá! Mesmo depois de adicionar uma história compartilhada não definida.