Em seu yum.conf
alternativo, você precisa definir reposdir
para outra coisa, para que não seja exibido em /etc/yum.repos.d
.
Eu coloquei minhas definições de repositório para o reposync em /etc/reposync.repos.d
, então a linha a ser adicionada ao yum.conf
que você está usando para o reposync ficaria assim:
reposdir=/etc/reposync.repos.d