Em seu yum.conf alternativo, você precisa definir reposdir para outra coisa, para que não seja exibido em /etc/yum.repos.d .
Eu coloquei minhas definições de repositório para o reposync em /etc/reposync.repos.d , então a linha a ser adicionada ao yum.conf que você está usando para o reposync ficaria assim:
reposdir=/etc/reposync.repos.d