Eu finalmente encontrei uma correção para esse bug / problema! Na verdade, é um bug, mas não sei se é um bug do Windows ou um bug do Qemu / VNC. Depois de conectar um dispositivo de armazenamento massivo ao convidado do Windows 8.1, o mouse pára de funcionar porque entra em um estado de suspensão.
Este bug pode ser corrigido indo para WIN + X, Painel de Controle, Dispositivos e Impressoras. Lá você pode ver o QEMU USB Tablet, que é um dispositivo tablet / mouse usado para o mouse VNC para trabalhar no convidado. Clique com o botão direito e selecione Propriedades. Em seguida, clique na guia Hardware. Normalmente, você deve ver dois dispositivos (com base no hardware atribuído ao convidado), mouse compatível com HID e dispositivo de entrada USB.
Agora selecione o dispositivo de entrada USB e clique em Propriedades na parte inferior. Isso abrirá uma nova janela com as propriedades do dispositivo. Em seguida, clique em Alterar configurações (você precisará de poderes de administrador para isso) e vá para a guia Gerenciamento de energia na janela recém-aberta. Lá, você verá uma opção marcada com a seguinte explicação: Permita que o computador desligue este dispositivo para economizar energia.
Desmarcar essa opção e pressionar OK resolve o problema. Todo esse percurso pode ser feito apenas com o teclado (como o teclado ainda funciona). Pressione ENTER para abrir coisas, use TAB para ir para diferentes menus e pressione SPACE para simular um único clique do mouse (para desmarcar a caixa de seleção).
Espero que isso ajude muitas pessoas que estão sofrendo do mesmo problema. Ainda não consigo encontrar nenhum tópico relacionado de pessoas com os mesmos problemas que eu, mas é um bug e deve ser corrigido. Não tenho idéia se é relacionado ao Windows ou ao Qemu e espero que a equipe do Qemu possa inspecionar ainda mais isso.
Obrigado por toda a ajuda!