Se o servidor tiver um processador lento, evite somas de verificação e compactação com o rsync. Gostaria de remover a opção ht "-z" no comando rsync.
rsync --update -alvr --exclude '*cache*' --exclude '*.git*' /var/www/* root@secondwebserver:/var/www/
Note que não irá evitar que o rsync compare os arquivos 650k. Você pode rsync subdiretórios de / var / www, um por um para reduzir o número de arquivos verificados de uma só vez.