Eu consegui instalar o root 5.32 do código-fonte usando estas instruções e tendo o cuidado de incluir todos os pré-requisitos necessários .
Usando o Ubuntu 11.10 32 bit é mais fácil, o root de 64 bits procura por bibliotecas nos lugares errados, pois o Ubuntu mudou sua estrutura em 11.04, uma correção foi para copiá-los manualmente.
Acho que foi apenas copiar ou vincular daqui /usr/local/lib/X11/libX11*
to /usr/lib32/
Mais detalhes em Como instalo o root-cern?