Eu colocaria estes em /lib/udev se fornecidos por um pacote deb e em /etc caso contrário.
Se você implantar o programa em várias máquinas, recomendo fazer um pacote deb; isso facilitará a implantação e o rastreamento de versões. O wiki do Debian tem informações, ou você pode ler o (ignorando os bits não técnicos). dh torna isso uma brisa (existe até um dh_installudev ).
Se isso é apenas para uma máquina, eu colocaria o binário no controle de versão também, ou então, verifique a origem e um makefile e ignore o binário. Você também pode querer colocar um link simbólico em /lib/udev . Não recomendo colocar um arquivo não empacotado em /lib/udev , porque você esquecerá que está lá.