Você não precisa desmontar a partição antes de fazer isso. Em relação à questão dois, depende . Como os HDs cresceram em tamanho, o mesmo acontece com a quantidade total de espaço em disco reservada para o root. Se você tem um HD de 2 TB e ele é totalmente usado para /, então eu diria que você pode ajustá-lo com segurança para 1% fazendo isso:
$ sudo tune2fs -m 1 /dev/sda*X*
Uma unidade menor na região de 320 GB provavelmente sairia como está.
Tenha em mente que as unidades que são para fins de armazenamento de dados realmente não precisam de todo esse espaço reservado para o root. Nesse caso, você pode alterar o número de blocos reservados assim:
$ sudo tune2fs -r 20000 /dev/sdb*X*
Espero que ajude.
EDIT: Quanto aos problemas de fragmentação, os sistemas de arquivos ext são inerentemente imunes a problemas de fragmentação. Para citar Theodore Ts'o:
If you set the reserved block count to zero, it won't affect performance much except if you run for long periods of time (with lots of file creates and deletes) while the filesystem is almost full (i.e., say above 95%), at which point you'll be subject to fragmentation problems. Ext4's multi-block allocator is much more fragmentation resistant, because it tries much harder to find contiguous blocks, so even if you don't enable the other ext4 features, you'll see better results simply mounting an ext3 filesystem using ext4 before the filesystem gets completely full.