Um aplicativo está usando o GTK2 e o outro está usando o GTK3 (a menos que eu esteja enganado). Assim, você precisa mudar para um tema com os componentes GTK2 e GTK3. Um tema que suporta ambos é Phenix, mas se você procurar, poderá encontrar muitos outros. A maioria dos temas do GTK3 no OpenDesktop.org também suporta o GTK2.
Quanto ao Qt, instale o qtconfig (tenho certeza que o Arch tem alguma versão dele disponível) e use esse programa para definir a aparência dos aplicativos do Qt. Ele fornece uma opção para emular o tema atual do GTK +, que permitirá uniformidade máxima e também uma opção para o tema padrão do KDE.