Não posso comentar sobre a atualização de pós-lançamento falhada na ferramenta de drivers restritos, mas experimentei as janelas desfasadas e li que você pode desmarcar "Sincronizar com o VBlank" no módulo OpenGL na seção Geral do ccsm (se você não tem o ccsm, o sudo apt-get instala o compizconfig-settings-manager, então é só executar o "ccsm"). Eu também li isso afeta principalmente cartões ATI.