Você pode enviar pressionamentos de tecla diretamente para uma janela específica, executando:
xdotool type --window Firefox hello
O Xdotool irá gerar os principais eventos e enviá-los diretamente para a janela do Firefox. Mas enviar pressionamentos de tecla para uma janela específica usa uma API diferente do que simplesmente digitar na janela ativa, e muitos aplicativos simplesmente os ignoram. (fonte: man xdotool
, link )
Também diz que o Firefox 3 pareceu ignorar todas as entradas quando não tem foco, não tem certeza sobre versões recentes.