o que acontece se você executar
$ java -jar /etc/init.d/myservice
Funciona como esperado? E isso acontece para substituir myservice por myservice.jar nesse exato momento da execução do comando java -jar ? Se assim for, então temos uma pista sobre o comportamento misterioso que você descreveu.
Os arquivos Jar são projetados para serem portáveis, enquanto os links simbólicos certamente não são, então eu esperaria que esse comportamento fosse um resultado direto de alguma correção automática do lado do Java para satisfazer ansiosamente suas necessidades de caminho de classe.
Atenciosamente, Micha