Eu enfrento o mesmo problema. O truque de mágica está na ordem das chaves. Você precisa:
- pressione e segure
Ctrl
- pressione e solte
Shift
- liberar
Ctrl
Se você liberar o Ctrl antes do Shift ou usar qualquer outro pedido, você enfrentará o problema. Pressionar as teclas juntas ao mesmo tempo torna a ordem aleatória.
BTW. Não depende do WM. Parece estar relacionado com o Xephyr.