Isso é armazenado no arquivo ~/.mozilla/firefox/PROFILE_NAME.default/prefs.js do usuário:
$ grep browser.startup.homepage .mozilla/firefox/0prxyjky.default/prefs.js
user_pref("browser.startup.homepage", "http://foobar.com");
O nome do perfil será diferente para todos os usuários, mas deverá sempre terminar com .default .
Se você quiser alterar isso para todos os novos usuários que serão adicionados, edite /etc/skel/.mozilla/firefox/mwad0hks.default/prefs.js , que é o arquivo de modelo para novos perfis. Não tenho certeza se o mwad0hks.default será o mesmo em todos os sistemas, mas você deve ter algo com um nome equivalente lá.